AVIDa-SARS-CoV-2

AVIDa-SARS-CoV-2は、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のスパイクタンパク質で免疫した2頭のアルパカから生成したVHH (Variable domain of Heavy chain of Heavy chain antibody)と抗原の結合データセットです。AVIDa-SARS-CoV-2には、Delta株やOmicron株などの12のSARS-CoV-2変異体に対して、多様なVHH配列が結合するか結合しないかを示すバイナリラベルが含まれています。AVIDa-SARS-CoV-2は、抗原抗体の結合予測に対する抗体言語モデルの表現能力を評価するための貴重なベンチマークを提供し、AIを用いた抗体探索の開発を促進します。

Open HuggingFace

列の説明

データセットの各列の内容の説明です。

AVIDa-SARS-CoV-2.csv

列名	説明
VHH_sequence	VHHのアミノ酸配列
Ag_label	抗原の種類
label	1は結合ペアを表し、0は非結合ペアを表すバイナリラベル
subject_species	VHHが採取された対象の種
subject_name	VHHが採取された対象の名前
subject_sex	VHHが採取された対象の性別

antigen_sequences.csv

列名	説明
Ag_label	抗原の種類
Ag_sequence	抗原のアミノ酸配列

パイプライン

AVIDa-SARS-CoV-2は、以下のワークフローによって生成されました。青色で強調されたスクリプトは、GitHubで公開しています。

FASTQ, FASTA Files

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Labeled Dataset

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Scripts

Open GitHub

統計値

AVIDa-SARS-CoV-2には、22,002の結合ペアと55,001の非結合ペアを含む77,003のデータサンプルが含まれています。以下の図は、各抗原に対するデータサンプルの数を示しています。

Metadata

メタデータは、サブジェクトと標的抗原があります。それぞれの内容は以下になります。

サブジェクト

データセットの作成には以下の2頭のアルパカが用いられました。

Name	Species	Sex
Christy	Alpaca	Female
Puta	Alpaca	Male

標的抗原

以下の13種類の抗原を標的抗原として使用しました。

Antigen Type	Panning	Description
WT	cell	Wild-type (WT) SARS-CoV-2 identified in Wuhan
D614G	cell	Mutant with D614G mutation
Alpha	cell, bead	Mutant with representative mutations of Alpha variant with a C9 tag at the C-terminus.
Alpha+K417N	cell	Mutant of antigen type “Alpha” with K417N mutation
Alpha+K484K	cell	Mutant of antigen type “Alpha” with E484K mutation
Beta	cell, bead	Mutant with representative mutations of Beta variant
Delta	cell, bead	Mutant with representative mutations of Delta variant
Kappa	bead	Mutant with representative mutations of Kappa variant
Lambda	bead	Mutant with representative mutations of Lambda variant
Omicron	cell, bead	Mutant with representative mutations of Omicron (BA.1) variant
PMS	bead	Polymutant spike (PMS) protein
S2-domain	bead	S2-domain of the WT
OC43	bead	Human coronavirus OC43 (HCoV-OC43)

ライセンス

このデータはクリエイティブ・コモンズ表示 - 非営利 4.0 国際ライセンスの下に提供されています。

データセットを商用目的で使用する場合は、[email protected]に連絡してください。

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